Menurut perkiraan Gabenor DKI Jakarta, banjir ini telah menyebabkan kerugian hingga Rp 20 trilion.[18] Sementara itu, pengusaha, melalui Ketua Persatuan Pengusaha Indonesia, Sofjan Wanandi, menganggap bahawa kerugian ekonomi lebih dari Rp 1 trilion telah terjadi. Sebagai tambahan, Rp 1 milion harus dibelanjakan untuk mempersiapkan keperluan para pelarian.[19] Syarikat Elektrik Negeri juga mengalami kerugian sekitar 116 milion disebabkan oleh gangguan fungsi generator dan peralatan pengedaran dan transmisi yang rosak akibat pembuangan air.[20]

Selain ekonomi, banjir juga meragut 20 nyawa dan 33,500 orang yang mesti diselamatkan.

Pengangkutan

Lapangan terbang utama di bandar ini dibuka tetapi banyak jalan menuju ke sana dilaporkan terjejas. Banjir tersebut mengganggu perkhidmatan kereta api dari Stesen Manggarai di Jakarta Selatan ke Stesen Tanah Abang di Jakarta Pusat. Sebilangan besar kereta api dan bas komuter terampai dan jalan raya sukar dilalui.[21] Kawasan di sepanjang Jalan Sudirman hingga MH Thamrin juga mengalami kesesakan luar biasa.[22]

Banjir dilaporkan di istana presiden, memaksa penundaan pertemuan antara Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan rakan sejawatannya dari Argentina, Cristina Fernandez.[23]

Kematian

Badan Nasional Penanggulangan Bencana menyatakan jumlah rasmi kematian yang tercatat selama banjir Jakarta 2013, pada tanggal 18 Januari 2013, adalah 12 orang, dengan rincian 5 orang karena disetrum elektrik, 2 orang kerana kedinginan, 2 orang karena jatuh, 1 orang kerana hanyut oleh arus, 1 orang kerana usia lanjut dan 1 orang sudah ditemukan meninggal di rumah.[24] Data ini diperbaharui kembali pada tanggal 22 Januari menjadi 20 korban jiwa, dan 33.502 orang terpaksa diselamatkan.[25]

Keruntuhan Bangunan UOB

Tembok Johannes Latuharhary hancur menyebabkan air mengalir pantas ke Bulatan HI. Lantai bawah tanah Bangunan UOB yang mempunyai tingkat bawah hampir sama dengan jalan dalam sekelip mata.[26] Semasa proses pengeringan, didapati bahawa 2 orang mati, dan 2 yang lain lemah dan kaku akibat tenggelam dalam waktu yang lama. Selain itu, sekurang-kurangnya 47 kereta ditemui tenggelam di tingkat bawah tanah 1 dan 2.[27]

Pemindahan mangsa

Pemindahan dilakukan di beberapa wilayah Jakarta. Dianggarkan 20,000 orang dipindahkan 17 Januari 2013.[28][29]